BiopythonでTm値を計算する
Tm値について プライマーやプローブを設計するにあたり、Tm値は重要な指標の一つで、A、B二つの鎖からなる二重鎖（DNA:DNA、RNA:RNAあるいはDNA:RNAの複合体）の50%がAとBと...
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python tupleの要素は変更でき（る｜ない）？
よく見る文 python tupleの要素は変更できない --- (1) 変更をしようとすると確かに、エラーが出ます。 >>> a = (1, 2, 3) >>&g...
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python: 何これ？set operationを使ったらin operatorより爆速だった。
何をしていたか あるデータベースから1,225,793個のウイルスゲノム配列をダウンロードして解析した。数か月たって、再度データをダウンロードしたところ、2,486,361個に増えていた。処理コ...
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Windows 10でLocal BLAST: インストールと使い方（blastnのみ）
Bioinfo系の仕事をするにはMacOSかLinuxがやっぱり便利です。Windowsでも頑張れるんですが、pathのback slashがescapeプラス一文字と解釈されたりしてイヤですし...
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Entrez efetchで配列レコードを大量取得する
ある仕事で5万レコード近い核酸配列を取得して解析する必要が生じた。手元にあるのはaccessionが一行にひとつづつ書かれたファイルのみ。どうやるか？ということになった。解析にはアノテーション情...
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BiopythonでGenbankファイル操作：CDSをすべてFASTAに書き出す
Biopython：Genbank file parsing cheat sheetというタイトルで前回書きましたが、一度山に登って見渡した時に広がる風景をあとから書いたようなもので、これから登...
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BiopythonでFASTAファイル操作 その２：reverse complementをとる
BiopythonのSeqIOを用いて、fastaファイル中の配列の相補配列を一気に書き出してみます。 まずは、標準出力に打ち出してみます。区別のため、def lineの頭に'RC_'が付くよう...
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BiopythonでFASTAファイル操作 その１：準備と初めの一歩
核酸やアミノ酸の配列情報を扱うためのFASTAファイルは、フォーマットがシンプルなので、わざわざBiopythonのモジュールを使わなくとも、たいていのことができると思いますが、知っていると便利...
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Biopython：Genbank file parsing cheat sheet
Genbankファイルのparsingはfastaの場合に比べるとやっかいですが、多くの情報を抜き出すことができるので便利です。 ここでは、セクションごとに、情報にアクセスする記法と、どのような...
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htmlファイルをpythonでpdfに出力する
Markdownで生成したhtmlファイルをpdfとして保存する方法。 ブラウザで開き、pdfファイルとして保存する方法が簡単だと思いますが、ここではpythonで処理する方法を紹介します。 準...
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