Fastaファイルからデータベースにヒットした配列のみを抽出する #BLAST #DIAMOND #mmseqs2
手持ちのfastaファイルをデータベースに照合し、ヒットした配列のみを抽出する方法です。おすすめはDIAMONDです。 Blastで検索し、抽出する場合 # protein.faaはfasta形...
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Symportalをdockerで動かす
本記事では、Symportalをdockerで動かす方法を記載する。 Symportalは褐虫藻メタバ―コディングから出力されたfastqファイルより褐虫藻をジェノタイピングするソフトだが、最近...
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Symportalのインストールと使い方
※M1/M2チップ搭載のMacOSのPCでは下記通りにやっても動かないことがあります。 最近の解析環境のアップデートにより、エラーを吐く事例が頻出しています。 Dockerで実行できるようにim...
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