PythonでImageJを使うときに保存する際のpathのあれこれ
線虫の二値化を行ってROIを取得し、そのROIで蛍光測定するプログラムを作りました。 (このプログラムについては公開するのかどうか、していいのかどうかよくわからないので興味ある方はお声がけ頂けれ...
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ImageJでOlympusViewerを用いてVSIファイルをTiffにする奴
背景 僕の研究室ではオリンパスの蛍光顕微鏡を使ってオリンパスのソフトで撮影して出力している。撮影したときのファイルが__VSIファイル__で、本来ImageJ等では扱えないファイル。 でも、それ...
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分子生物学研究室の一般人がPythonで研究する話①環境構築編
蛍光顕微鏡画像の解析でImageJ(フリーの画像解析ソフト)を使っているのが当研究室。 先輩方は手作業でやってて大変そうだな～～と勝手に思っていたら自分でも使うことになってしまった！ってのがM1...
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