環境

% ruby -v
ruby 3.4.8 (2025-12-17 revision 995b59f666) +PRISM [arm64-darwin25]
% gem -v 
4.0.7
% bundle -v
4.0.7
% gem list psych

*** LOCAL GEMS ***

psych (5.3.1, default: 5.2.2)

全て記事執筆時点の最新の状態である。

再現手順

空のディレクトリーで

bundle init

する。
Gemfile のひな形が出来る。

Gemfile に何か一つ gem を記載する。

Gemfile

# frozen_string_literal: true

source "https://rubygems.org"

gem "date"

ここでは標準添付ライブラリーの date gem を書いてみたが，添付ライブラリーではない zeitwerk とか rubyzip とかでもいい。

bundle install する：

% bundle install
Fetching gem metadata from https://rubygems.org/.
Resolving dependencies...
WARN: Unresolved or ambiguous specs during Gem::Specification.reset:
      psych (>= 4.0.0)
      Available/installed versions of this gem:
      - 5.3.1
      - 5.2.2
WARN: Clearing out unresolved specs. Try 'gem cleanup <gem>'
Please report a bug if this causes problems.
Bundle complete! 1 Gemfile dependency, 1 gem now installed.
Use `bundle info [gemname]` to see where a bundled gem is installed.

成功しているのだが，psych のバージョンに関して何か警告が出ている。

psych は Gemfile に記載した gem とは関係ない（依存 gem でもない）のだが，なぜこんな警告が出るのか。

他の Bundler コマンドでは

bundle check では警告は出ないようだ。

bundle update では出る。
（今の Bundler では bundle update に --all オプションを付けないと別の警告も出るが，本題と関係ないので本記事では略す）

Gemfile.lock が存在している状態での bundle install では警告は出ない。

psych を整理したら

警告メッセージには

psych (>= 4.0.0)
Available/installed versions of this gem:
- 5.3.1
- 5.2.2

とあり，

Try 'gem cleanup '

とある。
しかし，インストールされている psych のうち古いほう（5.2.2）は default gem なので，

gem cleanup psych

とやったところで何も起こらない。

では新しいほうを削除したどうなるか。
→警告は出なくなった。

Gemfile に psych を入れたら

psych は使ってないのだが，バージョンが曖昧だとか言っているので，Gemfile に gem "psych" を入れてみたどうだろう。

まず，バージョン指定なしで：

Gemfile（抜粋）

gem "psych"

→警告は出る。

では，新しいほうをあらわに指定：

Gemfile（抜粋）

gem "psych", "5.3.1"

→警告は出る。

古いほうをあらわに指定：

Gemfile（抜粋）

gem "psych", "5.2.2"

→やはり警告は出る。
しかも，default gem の 5.2.2 があるにもかかわらず，bundle install や bundle update で 5.2.2 がもう一つインストールされるというワケの分からないことが起こる。

issue は？

このへんが類似の問題を扱っているが，読んでもよく分からない。

https://github.com/ruby/rubygems/issues/7657
https://github.com/ruby/rubygems/issues/2886