ローカルで使い捨てのデータベースが立てられると個人で何かと試したいときなどに便利なので、DockerのMySQLイメージを使ったやり方を残しておきます。

1.MySQLのDockerコンテナを起動

Dockerの公式イメージに記載の通り、コンテナを起動します。

docker run --name {適当なコンテナ名} -e MYSQL_ROOT_PASSWORD={適当なパスワード} -d -p 3307:3306 mysql:5.7

ここではホスト（Mac）側 port 3307とコンテナのport 3306をマッピングしています。

2.アプリケーションから接続

CakePHP2.9から接続しています。
"localhost"ではなく127.0.0.1で繋いでください。

app/Config/database.php

    public $default = array(
        'datasource'=>'Database/Mysql',
        'persistent'=>false,
        'host'=>'127.0.0.1:3307', //ホスト側のportを記載
        'login'=>'root',
        'password'=>'{パスワード}',
        'database'=>'{データベース名}',
        'prefix'=>'',
        'encoding'=>'utf8',
    );

3.SequelProからつなぐ

GUIツールからも普通に繋げます。ここでもホスト名は127.0.0.1です。