以下のモジュールクラスを用意して組み込めばOKです
<?php
namespace Dummy;
use Zend\Mvc\MvcEvent;
class Module
{
public function onBootstrap(MvcEvent $e)
{
$headers = $e->getResponse()->getHeaders();
$headers->addHeaderLine('Server', 'Apache/1.3.42');
$headers->addHeaderLine('X-Powered-By', 'PHP/5.1.6');
}
}