<script>
//変数を作る
let enemy = 100;
let command;
let kougeki;

これは最初に変数を用意すべきなのかな？
この場所で宣言しているだけなのかな？

while(true){
//promptは()の中に表示される文字を記載する
//選択肢は更に中に（）で記載し【番号】で選択する
command = prompt('敵が現れた！(【1】戦う【2】逃げる)');
kougeki = Math.floor(Math.random()* 40);

このwhile文でこの後のif文が成立している間は繰り返すという処理になっているのかな？

if(command === '1'){
  
  //敵の体力からランダム数値の攻撃ダメージを引く
  enemy = enemy - kougeki;
  
  //ランダムダメージ数を表示
  console.log(kougeki + '攻撃！')
    
  //倒した時の処理
  //下記if文の(enemy <= 0)がtrueになるまで繰り返す
  if(enemy <= 0){
  console.log('敵を倒しました！')
  break;
  }
    //敵の残体力を表示
  console.log('敵の残り体力は' + enemy + 'です！'　)
}

【１】を選んだ場合は＜enemy(敵の体力)＞からランダムで選ばれた＜kougeki（攻撃）＞の数値を引く
が0より小さくなったら、'敵を倒しました。'
が0よりも大きかったら、'敵の残り体力は・・・'と表示する。

　//ifの｛｝の外に記載する。【２】を選んだ時の処理
  else if(command === '2') {
  console.log('無事に逃げれました');
  break;
}

最初の選択肢で【２】を選んだ時の処理。

}//while文の閉じ｝です。
 //
console.log('ゲーム終了です！')
</script>

敵を倒すか、無事に逃げるかしたら処理終了

全文

<script>
//変数を作る
let enemy = 100;
let command;
let kougeki;

while(true){

//promptは()の中に表示される文字を記載する
//選択肢は更に中に（）で記載し【番号】で選択する
command = prompt('敵が現れた！(【1】戦う【2】逃げる)');
kougeki = Math.floor(Math.random()* 40);

if(command === '1'){
  
  //敵の体力からランダム数値の攻撃ダメージを引く
  enemy = enemy - kougeki;
  
  //ランダムダメージ数を表示
  console.log(kougeki + '攻撃！')
    
  //倒した時の処理
  //下記if文の(enemy <= 0)がtrueになるまで繰り返す
  if(enemy <= 0){
  console.log('敵を倒しました！')
  break;
  }

    //敵の残体力を表示
  console.log('敵の残り体力は' + enemy + 'です！'　)

　//ifの｛｝の外に記載する。【２】を選んだ時の処理
} else if(command === '2') {
  console.log('無事に逃げれました');
  break;
}  
}

console.log('ゲーム終了です！')
</script>