#ターミナルの初期ディレクトリ設定をしたい
phpstorm内のターミナルで初期に読み込まれるディレクトリは
デフォルトでプロジェクトディレクトリだと思います。

自分は仮想環境でvirtualboxを使用しておりターミナルでアクセスするのは
仮想環境がほとんどなので最初のディレクトリを
vagrant upできるディレクトリに設定しました。

#具体的な手順、やり方
上部メニューバーから
file → settings → tools → terminal → start directory

ここを最初に読み込みたいディレクトリにすれば完了です。