出典:https://stackoverflow.com/questions/45699456/js-jquery-not-working-with-heroku
ローカルではbootstrapもopalもうまく動いていたのに、Herokuにデプロイしたらブラウザのコンソールに「jQuery must be included before Bootstrap's JavaScript」となってしまって困っていました。
bootstrapのインストール方法等、をまずは普通にググッて、間違っていないか確認しましょう。そのうえで、それでもだめなときに、やってみてください。
bundle exec rake assets:precompile
これでGitコミットして、herokuデプロイしてみてください。