TL;DR

環境変数の JAVA_TOOL_OPTIONS に -Dfile.encoding=UTF-8 を設定する。

詳細

GARMIN FIT SDKでカスタムメッセージ等を定義した場合、FitGen.exeを実行しFIT SDKを生成する必要がある。
https://developer.garmin.com/fit/cookbook/fitgen/

しかし、最近Garmin Developersで配布されているFIT SDKのEventMesg.javaのドキュメントコメントに謎の文字化けが混入しておりそのままFitGen.exeを実行すると

> .\FitGen.exe -o test -java
FIT Code Generator - Protocol 2.00  Profile 21.40Release
SDK Version: production/akw/21.40.00-0-g813c158
Parsing existing config.csv...
Writing new config.csv...
Generating Java code...
Building Java tools...0%
com\garmin\fit\EventMesg.java:679: エラー: この文字は、エンコーディングMS932にマップできません
     * Comment: Theﾃつ?firstﾃつ?byteﾃつ?isﾃつ?theﾃつ?radar_threat_level_max, theﾃつ?secondﾃつ?byteﾃつ?isﾃつ?theﾃつ?radar_threat_count, and theﾃつ?lastﾃつ?16ﾃつ?bitsﾃつ?areﾃつ?reservedﾃつ?forﾃつ?futureﾃつ?useﾃつ?andﾃつ?shouldﾃつ?beﾃつ?setﾃつ?toﾃつ?FFFF.
                     ^
以下略

というエラーが発生し、ビルドに失敗する。

この文字は、エンコーディングMS932にマップできません というエラーはjavacにUTF-8等適切なエンコーディングを渡してやることで回避することが可能。以下のようなオプションを渡すことで回避できる。

javac -encoding UTF-8 EventMesg.java

しかしFitGen.exeの場合、javac呼び出し部分はFitGen.exe内部で行われているので直接javacにオプションを渡すことができない。

そこでFitGen.exeを実行するWindowsのユーザー環境変数にJAVA_TOOL_OPTIONSを追加し、javacに渡したいオプションを指定することでエラーを回避することができる。

https://docs.oracle.com/javase/jp/8/docs/technotes/guides/troubleshoot/envvars002.html
https://qiita.com/n_slender/items/6c566bb345e844ba8127