※CONTAINER ID、IMAGE、NAMESは実際の名前ではありません。
見やすさ、情報保護の観点で変更しております。

つまづいたこと

今、起動中のコンテナが以下だとします。

hogepc$ docker ps
CONTAINER ID        IMAGE     COMMAND                  CREATED             STATUS                         PORTS                              NAMES
e925a1effaXX        hogehoge  "/bin/sh -c 'npm s..."   26 seconds ago      Up 40 seconds                  0.0.0.0:3000->3000/tcp             hogehoge_1
a3592697efXX        fugafuga  "/bin/sh -c '/go/b..."   28 seconds ago      Restarting (1) 6 seconds ago                                      fugafuga_1
f4833db08dXX        piyopiyo  "docker-entrypoint..."   2 minutes ago       Up 44 seconds                  3306/tcp                           piyopiyo_1

都合により、上記のfugafugaコンテナをstopする必要がありました。

hogepc$ docker stop a3592697efXX
a3592697efXX

コンテナIDが表示されたので、stopされたと思っていました。
ところが、docker psコマンドを打ってみたらまだいます。

hogepc$ docker ps
CONTAINER ID        IMAGE     COMMAND                  CREATED             STATUS                         PORTS                              NAMES
e925a1effaXX        hogehoge  "/bin/sh -c 'npm s..."   3 minutes ago      Up 57 seconds                  0.0.0.0:3000->3000/tcp             hogehoge_1
a3592697efXX        fugafuga  "/bin/sh -c '/go/b..."   3 minutes ago      Restarting (1) 22 seconds ago                                     fugafuga_1
f4833db08dXX        piyopiyo  "docker-entrypoint..."   6 minutes ago      Up 59 seconds                  3306/tcp                           piyopiyo_1

対処法

一度該当のコンテナをdocker startします。
その後、docker stopします。

hogepc$ docker start a3592697efXX
a3592697efXX

hogepc$ docker stop a3592697efXX
a3592697efXX

hogepc$ docker ps
CONTAINER ID        IMAGE     COMMAND                  CREATED             STATUS                         PORTS                              NAMES
e925a1effaXX        hogehoge  "/bin/sh -c 'npm s..."   3 minutes ago      Up 57 seconds                  0.0.0.0:3000->3000/tcp             hogehoge_1
f4833db08dXX        piyopiyo  "docker-entrypoint..."   6 minutes ago      Up 59 seconds                  3306/tcp                           piyopiyo_1

無事に消えました。
しかし、なぜ一度startしてからstopしたことでstopできたかについては
調べてもわかりませんでした。
もう少しDockerの仕組みを理解したいところです。