【追記（2015年2月19日）】（Sawadays0118さんありがとうございます。）
大量ファイルを置換した際は、File > Save All で保存した方が早いし楽でした。
とりあえず、trueにしておくと保存し忘れがなくなるかもです。
大量にファイルを置換した時に、一々ctrl + s押すの疲れました・・・。
Preferences ≫ Settings - Userで以下を追加してください。
"save_on_focus_lost": true,
（Settings - Defaultの182行目くらいに"save_on_focus_lost": falseがいるので、コピペしてfalseをtrueにすればよいです。）
trueにすると、別ファイルに移る瞬間に自動的に保存されるようになるので、
ひたすらctrl + tabで一通り置換していったファイルを見返すだけで保存されていきます。
（見返す必要ないならばctrl + tab長押しで瞬殺ですね。）