デフォルトで使用する改行コードを指定します。
system : システムの既定のコード
windows : CR+LF
unix : LF
Preferences > Settings - User
上記をひらいてください。
例
"default_line_ending": "system",
上記がデフォルトの表示です。
全てファイルの改行コードをLFに揃えたい場合は、
"default_line_ending": "unix",
と変えてください。
また、
メニューの[表示]>[改行コード]で改行コードの確認と変更ができる他、
Preferences > Settings - Userに"show_line_endings": trueと追記(または変更)すると、
ステータスバーからも確認と変更が出来るようになります。