とある案件で、CMSのデータベースのバックアップを定期的に取りたかったのだが

さくらインターネットだと、

2.2. プログラムのコマンドパス
には、mysqldumpのコマンドパスがないようなので、
http://support.sakura.ad.jp/manual/rs/tech_cgi.html

シェルスクリプトを作成し、cronで１日１回叩く。