7/28追記 Unity4.5.2で以下の問題は対応されました。
それ以前のバージョンを使用している場合のみの対処法となります。

1. 概要

最近Android SDKを更新したり、新規インストールしてからビルドすると
ビルドエラーで実機転送が出来なくなったという話をチラホラ聞くようになったので
それの対処案の備忘録。
（この話、ADT 22になった時もあったよなぁ…）

2. 原因

とりあえず、最新のAndroidSDK(ADT 23)でUnityビルドこけるのはSDK/tools/zipalign.exeをUnityが参照してたけどそれがなくなったのでエラーはいてた。
— リラ@考える黒いクマさん (@relzx) July 1, 2014

7/7追記最新のSDKフォルダ内のbuild-tools\android-4.4Wに
zipalign.exe が移動していたのでそちらから持ってくるのが一番早そうです。

以下以前の情報…
さて、対策として一番手っ取り早いのは更新前のr22のtoolsフォルダからzipalign.exeを持ってくれば
良いのですが、かなり難しいので以下のリンクからr22のzipを落としてきてその中のtoolsフォルダ内の
zipalign.exe をコピーしちゃいましょう。

Unity4.5からModuleManager入ってその辺り対応出来るようになったはずだけど、今のところ更新は来てない。さてさて…
— リラ@考える黒いクマさん (@relzx) July 1, 2014

Unity 4.5からSDKが頻繁に更新されるものについてはモジュール化して、アプリ本体をアップデートしなくても
アドオン更新だけで済む仕組みが追加されました。
【参考リンク】
・本家ブログ(英語)
http://blogs.unity3d.com/2014/05/27/module-manager-in-4-5/
・日本語での解説記事(8.の項目)
http://terasur.blog.fc2.com/blog-entry-795.html

でも実際は…
公式フォーラムにて4.5.2としてリリースされる告知がなされているようで？
http://forum.unity3d.com/threads/unity-patch-releases.246198/

うーん、個人的には新機能お披露目かと思ってたのでガッカリ…。

以上です。