XcodeGenを導入したらagvtoolでバージョンが変わらなくなった

[Xcode] agvtoolでバージョン管理 - Qiita
https://qiita.com/valmet/items/78d662ec587b349e49c1

上記の記事を参考に見返してみると

PROJECT > Build Setting > Versioning > Versioning System で Apple Generic を選択

なるほど

project.ymlで設定する

targets:
  PROJECT_NAME:
    type: application
    platform: iOS
    deploymentTarget: "11.0"
    sources:
      - path: PROJECT_NAME
    settings:
      base:
        VERSIONING_SYSTEM: Apple Generic # これを入れる！

xcconfigでplistを設定しているとなんだかうまく行かない

xcconfigファイルを使ってplistを設定しているとうまくいかないっぽい

HOGE.xcconfig

INFOPLIST_FILE: PROJECT_NAME/info.plist

↓

targets:
  PROJECT_NAME:
    type: application
    platform: iOS
    deploymentTarget: "11.0"
    sources:
      - path: PROJECT_NAME
    settings:
      base:
        VERSIONING_SYSTEM: Apple Generic
        INFOPLIST_FILE: PROJECT_NAME/info.plist # XcodeGenで設定するとうまくいく

xcodeprojの差分を見てもよくわからない

xcodeprojの差分的には特に変化ないんですが、agvtoolでバージョン管理できるようになりました。
理由がわかるかたいたら教えて下さい...🙇‍♂️