追記：この変更は3.2.10でリバートされました

CakePHP3.2.9がリリースされたのでアップデートしたらテストが通らなくなってしましました…
どうやらexistsInが更新されたことが原因のようです。
(変更箇所：Force ExistsIn rule in new Entiy even with a not dirty field)

今まで以下のような感じの処理をしていました。

src/Controller/ArticlesController.php

public function add()
{
    $article = $this->Articles->newEntity();
    if ($this->request->is('post')) {
        $article = $this->Articles->patchEntity($article, $this->request->data);
        $article->user = $this->Users->get($this->Auth->user('id'));
        if ($this->Articles->save($article)) {
            return $this->redirect(['action' => 'index']);
        } else {
            $this->Flash->error(__('保存できません'));
        }
    }

src/Model/Table/ArticlesTable.php

public function buildRules(RulesChecker $rules)
{
    $rules->add($rules->existsIn(['user_id'], 'Users'));
    return $rules;
}

Controllerでuser_idではなくuserをentityの形で$article->userにセットしているので、$article->user_idはセットされていないため、existsIn()がエラーを返すようになったようです。
今まではuser_idがセットされてなかったらチェックしてなかったけど、新規作成の時はそれは許されなくなったぽい？

というわけで、なんか釈然としないけど、以下を追加しました。

src/Model/Table/ArticlesTable.php

public function beforeRules($event, $entity, $options, $operation)
{
    if (!empty($entity->user)) {
        $entity->user_id = $entity->user->id;
    }
}

エラーは出なくなったけど、これでいいのかどうか…。