tl;dr

git cleanコマンドで未追跡ファイルを一括削除できます。

デモ

現在のカレントブランチを初期状態に戻したいとします。
git statusコマンドでブランチの状態を確認すると、変更ファイルが１つ、未追跡ファイルが２つあります。

$ git status
On branch develop
Your branch is up to date with 'origin/develop'.

Changes not staged for commit:
  (use "git add <file>..." to update what will be committed)
  (use "git restore <file>..." to discard changes in working directory)
        modified:   src/index.js

Untracked files:
  (use "git add <file>..." to include in what will be committed)
        core.33
        core.43

git checkout .コマンドを実行したあと、再度git statusコマンドでブランチの状態を確認すると、未追跡ファイルが２つ残っています。

$ git status
On branch develop
Your branch is up to date with 'origin/develop'.

Untracked files:
  (use "git add <file>..." to include in what will be committed)
        core.33
        core.43

そこで、cleanコマンドで未追跡ファイルを一括削除します。

$ git clean -df
Removing core.33
Removing core.43

一括削除前に、どのファイルが削除対象なのか確認することもできます。

$ git clean -n
Would remove core.33
Would remove core.43

未追跡ファイルがクリアされ、完全に初期のブランチの状態に戻りました。

$ git status
On branch develop
Your branch is up to date with 'origin/develop'.

nothing to commit, working tree clean

以上。