tl;dr
git cleanコマンドで未追跡ファイルを一括削除できます。
デモ
現在のカレントブランチを初期状態に戻したいとします。
git statusコマンドでブランチの状態を確認すると、変更ファイルが１つ、未追跡ファイルが２つあります。
$ git status
On branch develop
Your branch is up to date with 'origin/develop'.
Changes not staged for commit:
(use "git add <file>..." to update what will be committed)
(use "git restore <file>..." to discard changes in working directory)
modified: src/index.js
Untracked files:
(use "git add <file>..." to include in what will be committed)
core.33
core.43
git checkout .コマンドを実行したあと、再度git statusコマンドでブランチの状態を確認すると、未追跡ファイルが２つ残っています。
$ git status
On branch develop
Your branch is up to date with 'origin/develop'.
Untracked files:
(use "git add <file>..." to include in what will be committed)
core.33
core.43
そこで、cleanコマンドで未追跡ファイルを一括削除します。
$ git clean -df
Removing core.33
Removing core.43
一括削除前に、どのファイルが削除対象なのか確認することもできます。
$ git clean -n
Would remove core.33
Would remove core.43
未追跡ファイルがクリアされ、完全に初期のブランチの状態に戻りました。
$ git status
On branch develop
Your branch is up to date with 'origin/develop'.
nothing to commit, working tree clean
以上。