他の方法もあると思いますが、一例として紹介します。

（例）「/Users/Test/」というフォルダが存在している時

1: ターミナルでコマンドを入力しcocosプロジェクトを作成する
cocos new TestProject -d /Users/Test/ -p jp.co.Test.TestProject -l cpp

2: ターミナルで作成したプロジェクトフォルダに移動する
cd /Users/Test/TestProject/

3: ターミナルでローカルリポジトリ用のgit初期化コマンドを実行する
git init

4: ターミナルでリモートリポジトリ用のフォルダを作成する
mkdir -p /Users/Test/repo/TestProject.git/

5: ターミナルでリモートリポジトリ用のフォルダに移動する
cd /Users/Test/repo/TestProject.git/

6: ターミナルでリモートリポジトリ用のgit初期化コマンドを実行する
git init –bare

7: SourceTreeを起動する

8: 「+新規リポジトリ」で「ローカルリポジトリを作成」で以下のフォルダを開く
/Users/Test/TestProject/

9: SourceTreeのメニューの「リポジトリ」-「リポジトリの設定」-「追加」でリモートの名前とリモートリポジトリのパスを設定する

リモートの名前：origin
URL/パス：/Users/Test/repo/TestProject.git/

10: 作業ツリーのファイルをコミット

11: リモートリポジトリにプッシュ