他の方法もあると思いますが、一例として紹介します。
（例）「/Users/Test/」というフォルダが存在している時
1: ターミナルでコマンドを入力しcocosプロジェクトを作成する
cocos new TestProject -d /Users/Test/ -p jp.co.Test.TestProject -l cpp
2: ターミナルで作成したプロジェクトフォルダに移動する
cd /Users/Test/TestProject/
3: ターミナルでローカルリポジトリ用のgit初期化コマンドを実行する
git init
4: ターミナルでリモートリポジトリ用のフォルダを作成する
mkdir -p /Users/Test/repo/TestProject.git/
5: ターミナルでリモートリポジトリ用のフォルダに移動する
cd /Users/Test/repo/TestProject.git/
6: ターミナルでリモートリポジトリ用のgit初期化コマンドを実行する
git init –bare
7: SourceTreeを起動する
8: 「+新規リポジトリ」で「ローカルリポジトリを作成」で以下のフォルダを開く
/Users/Test/TestProject/
9: SourceTreeのメニューの「リポジトリ」-「リポジトリの設定」-「追加」でリモートの名前とリモートリポジトリのパスを設定する
リモートの名前：origin
URL/パス：/Users/Test/repo/TestProject.git/
10: 作業ツリーのファイルをコミット
11: リモートリポジトリにプッシュ