質問の意図が以下の2つのどちらかわからなかったのでそれぞれ回答します。もし意図と異なるようでしたらすみません。
1.敵のオブジェクトだけ削除したいが雷のパーティクルも削除されてしまうため、雷のパーティクルは削除されないようにしたい
2.雷を打ったエフェクトをより強調したい
【1.敵のオブジェクトだけ削除したいが雷のパーティクルも削除されてしまうため、雷のパーティクルは削除されないようにしたい】
OnParticleCollisionメソッドでDestroyしているのは衝突先のオブジェクト(敵)なので、パーティクル(雷)自身が削除されることはないと思います。
スクリプトに問題があるわけではなさそうなのでInspectorやHierarchyの設定を見直してみてはいかがでしょうか?
例えば以下の理由が考えられます
・パーティクルのStart Lifetimeに短い時間が設定されている
・パーティクルが削除されたオブジェクトの子供になっていて一緒に削除されてしまっている(この場合、オブジェクトが削除された後にHierarchyビューを見るとパーティクルオブジェクトがなくなっているはずです)
【2.雷を打ったエフェクトをより強調したい】
画面を見ていないので適切なアドバイスは難しいですが、以下の方法を試してみてはいかがでしょうか?
・衝突時に雷や敵の色を変える、点滅させる
・敵に雷に打たれたアニメーションを用意しDestroy前に再生する
・Destroy(other.gameObject, 0.5f);のように敵を削除するまでに遅延時間を設ける
・衝突範囲を調整してより雷が敵により食い込んだタイミングでOnParticleCollisionが呼ばれるようにする