AzureのWebAppsでバックグラウンドサービスを起動し、
EventGridへMQTTサブスクライブ接続するというなんともマニアックな要件です。
EventGridのMQTT接続はクライアント証明書認証が必要なので、
WebAppsのBYOC(Bring Your Own Certificat)のストアに入れる必要があります。
この証明書がデプロイスロットに反映されない、ということで
検証してみたところ、どうやら再作成する際に証明書ストアも更新される模様。
ちなみに確認方法：
certutil -user -store my
これで証明書の情報が出てくればOK。
ちょっとどこ調べても情報が出てこなかったので、誰かのお役に立てば。
こんな構成にするやつはなかなかいないとは思いますが。