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GalaxyAdvent Calendar 2017

Day 14

Galaxyで共通のIDを持つデータファイル2つを利用して、データファイルを集約してみよう

Last updated at Posted at 2017-12-14

#2つのデータファイルを利用して片方のデータファイルをアノテーションしてみよう

最初のコラムが共通のIDが振られている下のようデータを取り扱ってみる

annotation.tsv
A	A is for an apple.
B	B is for a ball.
C	C is for a cat.
D	D is for a dog.
frequency.tsv
A	2
C	5
D	1

データをGalaxyにアップロード

サンプルデータが小さいのでGalaxyにコピペする
左側の領域の"Get Data" => "Upload File from your computer"をクリックしてダイアログを表示し、ダイアログ下部の"Paste/Fetch Data"をクリック
Screen Shot 2017-12-13 at 23.02.24.png

表示された枠の中に直接データテキストをペースト
Screen Shot 2017-12-13 at 23.02.52.png

さらに、ダイアログ下部の"Paste/Fetch Data"をクリックして同じようにもう一つのデータテキストをペースト
Screen Shot 2017-12-13 at 23.03.04.png

ダイアログ下部の"Start"をクリックして2つのデータのStatusが100%になったら、ダイアログ下部の"Close"をクリック
Screen Shot 2017-12-13 at 23.03.09.png

画面右側の"History"領域に"Pasted Entry"が2件追加される
このままでは、2つが区別しにくいので、それぞれの"Pasted Entry"の名前を変更しよう

先ずは最初の"Pasted Entry"のペンシルのアイコンをクリック
Screen Shot 2017-12-13 at 23.03.23.png

"Name"のフィールドをわかりやすい文字列に変更
Screen Shot 2017-12-13 at 23.03.41.png

変更後は保存のために"Save"をクリック
Screen Shot 2017-12-13 at 23.04.02.png

同様にしてもう一つの"Pasted Entry"も名称を変更しよう

右側のツールから、"Join,Subtract and Group"をクリックし、"Join two Datasets side by side on a specified field"をクリック
Screen Shot 2017-12-13 at 23.01.00.png

"Join"で"Data table"("A is for an apple."が記載されている方)をドロップダウンリストで選択し、"and column"でカラムを選択

Screen Shot 2017-12-13 at 23.04.49.png

"with"以下のフィールドで、もう一つのファイルの名称をドロップダウンリストで選択し、"and column"でカラムを選択
Screen Shot 2017-12-13 at 23.05.17.png

"Execute"をクリック
Screen Shot 2017-12-13 at 23.05.17.png

新しくできたデータを参照
Screen Shot 2017-12-13 at 23.05.39.png

同じIDを元に2つのデータの該当行が集約されている

今日はこれまで:smile:

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