condaのRepeatMaskerを使おうとしていたのだが、どうもうまくいかない。
そこで色々とあがいた結果を一応メモ。
前提：M1 Macなので、Miniforge経由でcondaを使っていた。
condaの仮想環境でRepeatMaskerをインストールし、使おうとしていた。
第一関門：謎のFatal Error
RepeatMaskerを実行しようとすると以下のようなエラーメッセージ。
FATAL ERROR: RepeatMasker giving up. One or more batches failed!
これをGemmaに食わせたところ「指定スレッド数を少なくするといい」とあったので（このマシンは8スレッドなのだが…）4スレッドだったところを2まで減らしたら解決した。
第二関門：「パーティションがない」
Taxon "Oryzias_latipes" is in partition 11 of the current FamDB however,
this partition is absent. Please download this file from the original
source and rerun configure to proceed.
このエラーにだいぶ苦しめられた。
大いに役立ったサイト：
https://note.com/ikko68/n/n7ae5caf60d8b
に従ってパーティション11(解凍したら68GBになった…)を指定ディレクトリに。
そしてconfigure、認識されていた！のはずが、元の作業ディレクトリでRepeatMaskerを実行しようとするとまたabsentエラーになる。
あーだこーだ調べていたところ、configしていたディレクトリと実際にRepeatMaskerが動くディレクトリが別？？？であることに気づいた。
/Users/user/miniforge3/envs/(仮想環境名)/share/RepeatMasker/Libraries/famdb
にパーティションを入れるべきだったところを、
/Users/user/miniforge3/pkgs/repeatmasker-4.1.7p1-pl5321hdfd78af_1/share/RepeatMasker/Libraries/famdb
に入れていた！
そこで前者ディレクトリで作業し直したところ大成功。
conda仮想環境の問題だったのだろうか…？