環境 : KiCad 5.1.6

コピー先の基板 (*.kicad_pcb)をPcbnewのスタンドアロンモードで開き、コピー元のパターンを「基板を追加」で読み込んで保存
コピー先のプロジェクトフォルダにコピー元の回路図をコピーして、コピー先で同名の階層シートを作る。
アノテーション、そして保存
コピー先プロジェクトの回路図(.sch)のコピーしてきた部品のタイムスタンプを、基板図(*.kicad_pcb)のタイムスタンプと合わせる(どっちをどっちに合わせてもいい、テキストエディタで開いて直接編集するのが確実)
基板エディタで「回路図から基板を更新」「既存のシンボルとフットプリントの関連付けを保持」で基板を更新

基板図ファイルでのタイムスタンプは

  (module フットプリント名 (layer F.Cu) (tedit 5DCA44A1) (tstamp 5E32AC00)
    (at 167.7 80.3 180)
    (descr "Resistor SMD 0402 (1005 Metric), square (rectangular) end terminal, IPC_7351 nominal, (Body size source: http://www.tortai-tech.com/upload/download/2011102023233369053.pdf), generated with kicad-footprint-generator")
    (tags resistor)
    (path /5E282B5C/5E377831) <------ ここが対応する回路図上の部品のタイムスタンプ

(path /階層シートのタイムスタンプ/回路部品のタイムスタンプ)となっている。

階層シートとして取り込んだ場合、回路部品のタイムスタンプは変わらないので、階層シートのタイムスタンプを変更するか、または付け足す。

一番お手軽なのは

Top.sch <- 階層シートを置くだけの図
├ A.sch 
├ B.sch
...

という階層シート構造になるように回路図を書き、コピー時にはトップ以外をプロジェクトフォルダにコピーして、
コピー先と元のトップのシートをテキストファイルで開いて階層シート部分をコピペすればいい

あとは再アノテーションしてリファレンスを振り直す。