tl; dr

Fargate プラットフォームバージョン 1.4.0 では、コンテナで実行するコマンドの引数に空文字を渡すと無視される。
Fargate プラットフォームバージョン 1.4.0 を使用する限り、この挙動は回避できない模様。
現時点で引数に空文字を使うには Fargate プラットフォームバージョン 1.3.0 を利用するしかない模様。

検証

Dockerfile

FROM alpine:3.13.2
RUN echo 'echo "\$0（script_name）: $0"; \
    echo "\$1（first_args）: $1"; \
    echo "\$2（second_args）: $2"; \
    echo "\$3（third_args）: $3"; \
    echo "\$4（4th_args）: $4"; \
    echo "\$5（5th_args）: $5"; \
    echo "\$#（number_of_args）: $#"; \
    echo "\"\$*\": \"$*\""; \
    echo "\"\$@\": \"$@\""' > /args_test.sh
CMD ["/bin/sh", "/args_test.sh", "first", "", "third", "", "5th"]

Fargate PV 1.3.0 での実行結果

Fargate PV 1.4.0 での実行結果

どうすべきか

LATEST が 1.4.0 に変更されるにあたって、検証を行う際はネットワーク周りの確認だけでなく、コンテナの最終的な実行結果まで確認を行った方が良さそう。
その確認が難しいようであれば、現時点では 1.3.0 に固定するのが無難そう。
また、タスク定義やタスク実行時の CMD 上書きでも再現するため、動的に引数を設定している様なタスクでは、さらに検証で注意が必要である。