常識かもしれませんが、はまったので書きます。

TL;DR

Capistranoを使用したCakePHPのデプロイ時には

キャッシュを削除
webサーバを再起動

したほうが良さげ？

前提

CakePHP 2.4.10
引継ぎ案件、運用中
訳あってファイルキャッシュ
もろもろサーバ数は6+α。やってられないのでcap3導入
微妙なディレクトリ構成
AWS ELB使用

DocumentRootは、/var/www/html
デプロイ先は、/home/cap
以下のようなシンボリックリンクを貼って対応

/var/www/html/cake -> /home/cap/current/path/to/app

問題1　デプロイ直後に`PHP Fatal error: Class 'XXX' not found in ...`

app/tmp/cache/persistent/xxx_cake_core_file_map にデプロイ前のパスが設定されたままで、アクセス時に古いリリースを参照するためエラーになっていた。

対応

デプロイ時にファイルキャッシュを削除する（すみません、力技です）。

deploy.rb

set :cake_cache, '/path/to/cake/app/tmp/cache'
set :cache_dirs, %W{#{fetch(:cake_cache)}/models #{fetch(:cake_cache)}/persistent #{fetch(:cake_cache)}/views}
 
namespace :misc do
 
  desc "Clear cache in :cache_dirs."
  task :clear_cache do
    on roles(:web) do
      dirs = fetch(:cache_dirs)
      if dirs.is_a?(Array)
        dirs.each do |d|
          path = shared_path.join(d)
          if test "[ -d #{path} ]"
            execute "rm -f #{path}/*"
          end
        end
      end
    end
  end
 
end
 
after 'deploy:updated', 'misc:clear_cache'
after 'deploy:reverted', 'misc:clear_cache'

問題2 たま〜にデプロイ直後にPHP Fatal error:(ry

キャッシュ削除前のapacheのプロセスが残っていたため、デプロイ後にデプロイ前のパスが設定されたキャッシュが作成された、と考えた。

対応

apacheを再起動する

deploy.rb

namespace :deploy do
 
  desc 'Restart httpd'
  task :restart do
    on roles(:web) do
      execute :sudo, :service, "httpd", "graceful"
    end
  end
 
  after :publishing, :restart
  after :finishing, 'deploy:cleanup'
 
end

まとめ

とりあえず、問題2の対応以後は、問題なくデプロイ出来ています。
あまりCakePHP関係なくてすみません。