##はじめに
tmuxを1.9aにupdateしました。
すると、新しいウィンドウ作成時にHOMEディレクトリに戻ってしまう仕様になっていました。
新しいウインドウ作成時や分割時にカレントディレクトリのパスを引き継ぐ仕様のほうが個人的に好きなので1.9aでも実現できるよう設定しました。

##原因
そもそも、なぜこういう現象になったかというとdefault-pathという機能が廃止になってしまったからのようです。
新しいウィンドウは全てホームディレクトリから始まるようになったってことですね。
詳細はこちらを参照 → CHANGES FROM 1.9 to 1.9a 22 February 2014
該当箇所を抜粋するとこんな感じです。

Incompatible Changes
====================

* 88 colour support has been removed.
* 'default-path' has been removed.  The new-window command accepts '-c' to
  cater for this.  The previous value of "." can be replaced with: 'neww -c
  $PWD', the previous value of '' which meant current path of the pane can
  be specified as:  'neww -c "#{pane_current_path}"'

##対処方法
新しいウィンドウ作成時（new-window）と分割時（split-windw）にカレントディレクトリのパスを引き継ぐようにしたい場合は、new-windowとsplit-windwのオプションに-c "#{pane_current_path}"をつけると実現できます。
では.tmux.confを編集します。自分はこんな感じに。

.tmux.conf

 bind c new-window -c "#{pane_current_path}"
 bind % split-window -hc "#{pane_current_path}"
 bind '"' split-window -vc "#{pane_current_path}"

##おわりに
これで1.9aでもカレントディレクトリのパスの引き継ぎが実現されました。
もしカレントディレクトリパスを引き継ぐ仕様が好きだった人はやってみてください。
でもdefault-pathが廃止になったってことはこの仕様嫌いな人そんなに多かったのだろうか...個人的には好きでしたが。
ちなみに今回は以下のサイトを参考にさせて頂きました。ありがとうございます。

tmuxを1.9aにしたら新しいwindow/paneのパスが$HOMEになった件
http://qiita.com/geta6/items/e9e3122c4e7a602ade77

Tmux 1.9でウィンドウ分割後もカレントディレクトリに留まる
http://qiita.com/okuramasafumi/items/72f61ec0af56b7b9b292