codedeployを使っている場合、ソースコードのキャッシュが
/opt/codedeploy-agent/deployment-root/[デプロイグループID]/
というディレクトリに溜まっていきます。
このディレクトリは5世代まで？保持されますが、インスタンスのディスク容量を圧迫するので、やむを得ず消さなければならない場合があります。
しかし、無闇に削除すると次回以降のデプロイが以下のようなエラーで失敗するようになります。
No such file or directory - /opt/codedeploy-agent/deployment-root/[デプロイグループID]/[デプロイID]/deployment-archive/appspec.yml
これは、codedeploy-agentが直前のリビジョン（デプロイID）を探すためですが、前回のデプロイ情報は
/opt/codedeploy-agent/deployment-root/deployment-instructions/
以下に格納されているので、このディレクトリ以下にあるファイル（デプロイグループIDがファイル名の頭についています）を全て削除してデプロイすれば、新規デプロイと同様の挙動になります。