Xサーバーファイルメネージャー

Xサーバーのファイルマネージャーに取得した独自ドメインが無い

Xサーバーで取得した独自ドメインがファイルマネージャーの中に反映されていなくて困っています。
取得設定し終わって1時間おいてURLを叩くとエラーメッセージが出ました。
「このウェブスペースへは、まだホームページがアップロードされていません。」と出ました。
サポートマニュアルを見てファイルマネージャーに進むと取得した独自ドメインのフォルダがありませんでした。なぜでしょうか？
独自ドメイン取得時に一緒に取得できるもう一つの「●●●●●●.jp」というフォルダはあります。
このフォルダのpublic_htmlフォルダにPHPファイルを入れたのですがやはりだめでした。
どなたか、お助けください。