Dockerのコンテナ内でDBを直接操作する必要があることもあると思います。適切に操作ができるように一例をここにあげておきます。特定のテーブルの特定のカラムを削除する操作を示しています。

docker ps

docker exec コンテナ名　bash

mysql -u ユーザー名　-p

USE database名;

ここからsqlでの操作

ALTER TABLE your_table_name DROP COLUMN your_column_name;
DBのカラムを除ける処理

例

USE my_database;
ALTER TABLE users DROP COLUMN age;

migrationとの同期のズレに気をつけておかないと、思わぬエラーが起きることもあり、注意が必要です！！