Dockerのコンテナ内でDBを直接操作する必要があることもあると思います。適切に操作ができるように一例をここにあげておきます。特定のテーブルの特定のカラムを削除する操作を示しています。
入るコンテナの確認
docker ps
docker exec コンテナ名 bash
mysql -u ユーザー名 -p
USE database名;
ここからsqlでの操作
ALTER TABLE your_table_name DROP COLUMN your_column_name;
DBのカラムを除ける処理
例
USE my_database;
ALTER TABLE users DROP COLUMN age;
migrationとの同期のズレに気をつけておかないと、思わぬエラーが起きることもあり、注意が必要です!!