はじめに
TexTools のRectify エラーへの対処方法 を書くそもそもの原因となった「頂点の重複」について、なぜそういう状態になってしまったのか確認した。
環境はBlender 2.8
結論：原因は「E」のキャンセルしたつもり
複雑な操作はしていないので、候補は頂点が増える「押し出し = ショートカットE（Extrude Region）」。
初期状態の立方体。頂点数は8。
上面4頂点を選択してショートカットE、マウスを移動させたところ。まだ確定（マウス左クリック）していないが、Eの時点で頂点数は12に増えている。
確定しないでEscキーを押す。伸びていた面が消えるのでキャンセルされたように見えるが、頂点数は12のまま。
あー、これだ。
よく見ると左下に「領域を押し出して移動」が表示されているのでキャンセルされたわけではないのが分かる。頂点数をEする前に戻すにはUndo（Ctrl + z）が必要。
この状態でUV展開して（必要ないけど）Rectifyを実行すると、TexTools のRectify エラーへの対処方法 に書いたエラーが発生する。
面の数は6→10に増加しているので、側面の4面がおそらく高さ0で追加されていると思われる。一方で上面は元からある1面しかないので、追加された4頂点が面で閉じていないのがRectifyエラーの原因ではないだろうかと推測する。
まとめ
E（押し出し）はEsc を押すとキャンセルされたように見えるけど、実際はキャンセルされていないので注意。