環境はVitis2019.2, Vivado2019.2, Petalinux2019.2, Ubuntu18.04.5 LTS
ターゲットボードはZC706, SDカードブートです

ttyUSB0

Freeing unused kernel memory: 1024K
mmc0: new high speed SDHC card at address 1234
Run /init as init process
mmcblk0: mmc0:1234 SA08G 7.25 GiB
Failed to execute /init (error -13)
Run /sbin/init as init process
Run /etc/init as init process
Run /bin/init as init process
Run /bin/sh as init process
 mmcblk0: p1 p2
sh: cannot set terminal process group (-1): Inappropriate ioctl for device
sh: no job control in this shell
sh-4.4# ls
bin   dev  home  lib    mnt   root  sbin  tmp  var
boot  etc  init  media  proc  run   sys   usr
sh-4.4#

ぐぐってみると同じ症状の人がいました。
https://www.twblogs.net/a/5db28773bd9eee310ee61b31
https://blog.csdn.net/wmdscjhdpy/article/details/102724794

(原理はよくわかりませんが) Vivadoのbitstream生成からpetalinuxのプロジェクト生成も含めてやり直せばいいみたいです。

私の環境ではこれでうまく行きました。そもそも同じ症状の人があまり見つからなかったのでもしかしたら他にも原因があるかもしれません。もし見つかったら追記します。