事象
２つの更新セットで同時に同じフィールドの選択肢を追加・変更しようとする場合、行単位ではなく選択肢すべてが更新セットに含まれてしまいます。
確認したバージョン
San Diego（それ以前も同じ）
解決策
更新セットからChoice listの更新を削除し、sys_choiceテーブルのレコードをXMLで別の環境に移送する。
発生手順（例）
インシデントのカテゴリに「要望」を追加する更新セットと、OOTBのカテゴリ「SD WAN」と「クラウド管理」を非表示にする更新セットを作成します。
１. カテゴリ追加の更新セットを作成し、「要望」カテゴリを追加します。
２. 新しい更新セットを作成し、「SD WAN」と「クラウド管理」を非表示にします。
３. ２の更新セットのレコードを確認すると、「要望」のレコード追加も含まれています。
そのため、更新セットのリリースタイミングが前後するとバグやデグレが起きてしまいます。
補足
Add to Update Set Utilityを利用すると、レコードを更新セットに追加することが可能です。