自分が困ったので、備忘録として残す。

node_modules/ 内のモジュールを実行する際、対象ファイルの指定をマルチパス形式で「〜ディレクトリ配下すべて」と記述すると、npx と npm scripts で処理対象となるファイルが異なる。
（※今回はstylelintを例に説明）

事象

package.json

"scripts" : {
  "stylelint": "stylelint resources/assets/sass/test/**/*.scss",
}

上記npm scriptsを用意した状態で実行する npm run stylelint と
npx stylelint resources/assets/sass/test/**/*.scss で、処理対象となるファイルに違いが出た。
npx はディレクトリを再帰的に掘って走査してくれるが、npm scripts では第一階層しか探してくれない。

これを、npm scripts でも配下すべてのディレクトリを再帰的に走査するようにしたい。

※再現環境
macOS 10.14
Node.js 10.9.0
npm 6.2.0

解決方法

パスをシングルクォーテーションで囲む。
つまり、以下のように記述する。

package.json

"scripts" : {
  "stylelint": "stylelint 'resources/assets/sass/test/**/*.scss'",
}

事象の再現・調査

最初にキックされるJSファイルに console.log を仕込み、実際に対象になっているファイルの規則性を確かめる。

node_modules/stylelint/bin/stylelint.js

# !/usr/bin/env node

"use strict";

console.log(process.argv); // この１行を追加

require("../lib/cli")(process.argv.slice(2));

この状態でそれぞれコマンドを叩き、結果を比較する。

↓出力結果（npm scripts）

npm run stylelint
> @ stylelint /Users/[プロジェクトディレクトリまでのフルパス]
> stylelint resources/assets/sass/test/**/*.scss

[ '/Users/[ユーザ名]/.nodebrew/node/v10.9.0/bin/node',
  '/Users/[プロジェクトディレクトリまでのフルパス]/node_modules/.bin/stylelint',
  'resources/assets/sass/test/pages/_style.4.scss',
  'resources/assets/sass/test/settings/_style.5.scss',
  'resources/assets/sass/test/settings/_style.6.scss' ]

↓出力結果（npx）

npx stylelint resources/assets/sass/test/**/*.scss
[ '/Users/[ユーザ名]/.nodebrew/node/v10.9.0/bin/node',
  '/Users/[プロジェクトディレクトリまでのフルパス]/node_modules/.bin/stylelint',
  'resources/assets/sass/test/_style.scss',
  'resources/assets/sass/test/pages/1/_style.1.scss',
  'resources/assets/sass/test/pages/2/2-1/_style.2.scss',
  'resources/assets/sass/test/pages/2/_style.3.scss',
  'resources/assets/sass/test/pages/_style.4.scss',
  'resources/assets/sass/test/settings/_style.5.scss',
  'resources/assets/sass/test/settings/_style.6.scss' ]

対象となるファイルに違いがあることが判明した。

まとめ

勉強不足で Node.js の中の仕組みに詳しくなく、どうしてこうなるのかまではまだ理解できていません。。分かり次第追記したいと思います。
同じJSがキックされているのに解釈が違うので、stylelint 以外のnpmモジュールでも再現します。
学びとしては「npm scripts の中に書くパスはシングルクォーテーションでくくったほうが無難」という小さな内容ですが、気をつけていきたいです。