はじめに

とても読みやすい上にコメントも丁寧に記載しているので、何をしているかPython初心者の私でも理解できました。
プログラム

main.py
#!/usr/local/bin/python
# -*- coding: utf-8 -*-

import sys
import cv2
import random
import numpy as np
import tensorflow as tf
import tensorflow.python.platform

# 識別ラベルの数(今回は京:0,薫：1,Shinya:2なので、3)
NUM_CLASSES = 3

# 学習する時の画像のサイズ(px)
IMAGE_SIZE = 28

# 画像の次元数(28* 28*カラー(?))
IMAGE_PIXELS = IMAGE_SIZE*IMAGE_SIZE*3

# 学習に必要なデータのpathや学習の規模を設定
# パラメタの設定、デフォルト値やヘルプ画面の説明文を登録できるTensorFlow組み込み関数
flags = tf.app.flags
FLAGS = flags.FLAGS

# 学習用データ
flags.DEFINE_string('train', '/workspace/dir/train/data.txt', 'File name of train data')

# 検証用テストデータ
flags.DEFINE_string('test', '/workspace/dir/test/data.txt', 'File name of train data')

# データを置いてあるフォルダ
flags.DEFINE_string('train_dir', /workspace/dir/data', 'Directory to put the training data.')

# データ学習訓練の試行回数
flags.DEFINE_integer('max_steps', 100, 'Number of steps to run trainer.')

# 1回の学習で何枚の画像を使うか
flags.DEFINE_integer('batch_size', 20, 'Batch size Must divide evenly into the dataset sizes.')

# 学習率、小さすぎると学習が進まないし、大きすぎても誤差が収束しなかったり発散したりしてダメとか
flags.DEFINE_float('learning_rate', 1e-4, 'Initial learning rate.')

# AIの学習モデル部分(ニューラルネットワーク)を作成する
# images_placeholder: 画像のplaceholder, keep_prob: dropout率のplace_holderが引数になり
# 入力画像に対して、各ラベルの確率を出力して返す

####
### ここに学習モデル処理を追記します
####

if __name__ == '__main__':
  # ファイルを開く
  f = open(FLAGS.train, 'r')

  # データを入れる配列
  train_image = []
  train_label = []

  for line in f:
    # 改行を除いてスペース区切りにする
    line = line.rstrip()
    l = line.split()

    # データを読み込んで28x28に縮小
    img = cv2.imread(l[0])
    img = cv2.resize(img, (IMAGE_SIZE, IMAGE_SIZE))

    # 一列にした後、0-1のfloat値にする
    train_image.append(img.flatten().astype(np.float32)/255.0)

    # ラベルを1-of-k方式で用意する
    tmp = np.zeros(NUM_CLASSES)
    tmp[int(l[1])] = 1
    train_label.append(tmp)
 
  # numpy形式に変換
  train_image = np.asarray(train_image)
  train_label = np.asarray(train_label)
  f.close()

  f = open(FLAGS.test, 'r')
  test_image = []
  test_label = []
  for line in f:
    line = line.rstrip()
    l = line.split()
    img = cv2.imread(l[0])
    img = cv2.resize(img, (IMAGE_SIZE, IMAGE_SIZE))
    test_image.append(img.flatten().astype(np.float32)/255.0)
    tmp = np.zeros(NUM_CLASSES)
    tmp[int(l[1])] = 1
    test_label.append(tmp)
  test_image = np.asarray(test_image)
  test_label = np.asarray(test_label)
  f.close()

  #TensorBoardのグラフに出力するスコープを指定
  with tf.Graph().as_default():
    # 画像を入れるためのTensor(28*28*3(IMAGE_PIXELS)次元の画像が任意の枚数(None)分はいる)
    images_placeholder = tf.placeholder("float", shape=(None, IMAGE_PIXELS))

    # ラベルを入れるためのTensor(3(NUM_CLASSES)次元のラベルが任意の枚数(None)分入る)
    labels_placeholder = tf.placeholder("float", shape=(None, NUM_CLASSES))

    # dropout率を入れる仮のTensor
    keep_prob = tf.placeholder("float")

    # inference()を呼び出してモデルを作る
    logits = inference(images_placeholder, keep_prob)

    # loss()を呼び出して損失を計算
    loss_value = loss(logits, labels_placeholder)

    # training()を呼び出して訓練して学習モデルのパラメーターを調整する
    train_op = training(loss_value, FLAGS.learning_rate)

    # 精度の計算
    acc = accuracy(logits, labels_placeholder)

    # 保存の準備
    saver = tf.train.Saver()

    # Sessionの作成(TensorFlowの計算は絶対Sessionの中でやらなきゃだめ)
    sess = tf.Session()

    # 変数の初期化(Sessionを開始したらまず初期化)
    sess.run(tf.global_variables_initializer())

    # TensorBoard表示の設定(TensorBoardの宣言的な?)
    summary_op = tf.summary.merge_all()

    # train_dirでTensorBoardログを出力するpathを指定
    summary_writer = tf.summary.FileWriter(FLAGS.train_dir, sess.graph)

    # 実際にmax_stepの回数だけ訓練の実行していく
    for step in range(FLAGS.max_steps):
      for i in range(len(train_image)/FLAGS.batch_size):
        # batch_size分の画像に対して訓練の実行
        batch = FLAGS.batch_size*i

        # feed_dictでplaceholderに入れるデータを指定する
        sess.run(train_op, feed_dict={
          images_placeholder: train_image[batch:batch+FLAGS.batch_size],
          labels_placeholder: train_label[batch:batch+FLAGS.batch_size],
          keep_prob: 0.5})

      # 1step終わるたびに精度を計算する
      train_accuracy = sess.run(acc, feed_dict={
        images_placeholder: train_image,
        labels_placeholder: train_label,
        keep_prob: 1.0})
      print "step %d, training accuracy %g"%(step, train_accuracy)

      # 1step終わるたびにTensorBoardに表示する値を追加する
      summary_str = sess.run(summary_op, feed_dict={
        images_placeholder: train_image,
        labels_placeholder: train_label,
        keep_prob: 1.0})
      summary_writer.add_summary(summary_str, step)

  # 訓練が終了したらテストデータに対する精度を表示する
  print "test accuracy %g"%sess.run(acc, feed_dict={
    images_placeholder: test_image,
    labels_placeholder: test_label,
    keep_prob: 1.0})

  # データを学習して最終的に出来上がったモデルを保存
  # "model.ckpt"は出力されるファイル名
  save_path = saver.save(sess, "model2.ckpt")
補足と言い訳

パクリ元ソースコードのTensorFlowの関数が古いので差し替えます。
http://qiita.com/shu223/items/ef160cbe1e9d9f57c248
http://qiita.com/TokyoMickey/items/f6a9251f5a59120e39f8
識別ラベルの数は１の場合駄目でした。（最初は京のみでいけるとおもってました）
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