概要：
引数1で入力ファイルを指定し、引数2で出力するフルパスを指定するプログラム.

業務で良くある？データの加工処理が必要になった場合のテンプレ。
コード内の「args1で指定したフルパスへの出力処理～」の箇所に加工するコードを書き込む。

サンプルでは読み込んだファイルのダブルクォーテーションを削除する処理を行っている。

実行する際は
SAMPLE 入力ファイルのフルパス出力ファイルのフルパス
で実行可能。

テンプレートとして使えそうなので記載。
バッチから起動する＆System.out.printでログも出力出来ます。
System.out.printが組み込まれているのはその為.
System.out.printを日時を加工したメソッドを用意すればよかったと今では後悔。

何か初期処理が必要であれば、initializeメソッド等に書き込む（予定。書き込む事は未だなかったけど。）

ソース：

import java.io.BufferedReader;
import java.io.File;
import java.io.FileInputStream;
import java.io.FileOutputStream;
import java.io.InputStreamReader;
import java.io.OutputStreamWriter;
import java.io.PrintWriter;
import java.io.UnsupportedEncodingException;
import java.util.Calendar;


public class SAMPLE {

	/** システム日付 */
	public static String nowDay = null;

	/** システム時刻 */
	public static String nowDate = null;

	/**
	 * @param args
	 */
	public static void main(String[] args) {

		// ファイルの読込と、出力ファイル生成処理.
		try {
			// 初期処理
			initialize();

			System.out.println(nowDate + "Process Start");
			System.out.println(nowDate + "初期処理 終了");

			// 出力対象となるデータレコード
			StringBuffer bf = new StringBuffer();

			// 引数がない場合は処理を終了させる.
			if (args.length != 2) {
				System.out.println(nowDate + "引数は2つ指定してください.");
				System.out.println(nowDate + "処理を中断します....");
				System.exit(1);
			}

			// 読み込むファイルの名前
			String inFile = args[0];				// 入力ファイルのフルパス
			String outFile = args[1];				// 出力ファイルのフルパス

			// ファイルオブジェクトの生成
			File inputFile = new File(inFile);

			// 入力ストリームの生成（文字コード指定）
			FileInputStream fis = new FileInputStream(inputFile);
			InputStreamReader isr = new InputStreamReader(fis,"SJIS");
			BufferedReader br = new BufferedReader(isr);

			String msg = null;

			System.out.println(nowDate + "各種宣言処理まで完了");

			// args0で読込したファイルをループする。その際、ダブルクォーテーションを外していく..
			while ( ( msg = br.readLine()) != null ) {
				// 現在読み込んでいるHDレコード作成
				bf.append(msg.replace("\"", ""));
				bf.append("\r\n");
			}

			System.out.println(nowDate + "入力ファイル読込処理 完了");

			// args1で指定したフルパスへの出力処理
			// 処理をしたデータを片っ端から突っ込む。
			FileOutputStream fos = new FileOutputStream(outFile);
			OutputStreamWriter osw = new OutputStreamWriter(fos,"SJIS");
			PrintWriter pw = new PrintWriter(osw);

			pw.print(bf.toString());

			System.out.println(nowDate + "出力ファイルへの書込完了");

			// 後始末
			pw.close();
			br.close();

		// エラーがあった場合は、スタックトレースを出力
		} catch(Exception e) {
			e.printStackTrace();
			System.out.println(nowDate + "エラーが発生しました。処理を中止します。");
			System.exit(1);
		}

		System.out.println(nowDate + "Process End");
	}

	/**
	 * 初期処理.
	 *
	 */
	private static void initialize() {

		// 日付取得・時刻取得
		Calendar now = Calendar.getInstance();
		int yyyy = now.get(Calendar.YEAR);
		int mm = now.get(Calendar.MONTH) + 1;
		int dd = now.get(Calendar.DATE);
		int h = now.get(Calendar.HOUR_OF_DAY);
		int m = now.get(Calendar.MINUTE);
		int s = now.get(Calendar.SECOND);

		nowDate = String.valueOf(yyyy) + "/" + String.valueOf(mm) + "/" + String.valueOf(dd) + " " + String.valueOf(h) + ":" + String.valueOf(m) + ":" + String.valueOf(s) + "：";
	}

}