１．描画タイミングを管理するスクリプト作る

Live2D コミュニティで以下のスレッドがあったので、SDKのMotionプロジェクトをカスタムして試してみました。
　→　UnityでLive2dを使うときに描画順を制御するにはどうしたらいいでしょうか？

１）まずは2体のLive2Dモデルを用意します(スクリプトは同じものをアタッチ)

２）SimpleModel.csのOnrenderObject()を適当な名前に変えます

SimpleModel.cs

	//void OnRenderObject()
	public void RenderLive2D()
	{
        if (live2DModel == null) return;
        live2DModel.setMatrix(transform.localToWorldMatrix * live2DCanvasPos);
　　　　.
　　　　.
　　　　.

３）空のGameObjectを作り、スクリプトを作ります

RenderControl.cs

using UnityEngine;
using System.Collections;

public class RenderControl : MonoBehaviour {

	[Range(0,1)]
	public int changemodel;	// 前面に出すモデル切替

	private SimpleModel obj_haru;		// haruモデル
	private SimpleModel obj_Epsilon;	// Epsilonモデル

	void Start () {
		// スクリプトを取得する
		obj_haru = GameObject.Find("haru").GetComponent<SimpleModel>();
		obj_Epsilon = GameObject.Find("Epsilon").GetComponent<SimpleModel>();
	}

	void OnRenderObject(){
		if (changemodel == 0)
		{
			obj_haru.RenderLive2D();
			obj_Epsilon.RenderLive2D();
		}
		else
		{
			obj_Epsilon.RenderLive2D();
			obj_haru.RenderLive2D();
		}
	}
}

これで描画順を制御できます！

書き終わってから指摘を受けたけど、Live2DモデルのZ値でどっちを先に描画するか指定する方が賢いですね

２．描画モードを変更しZ値で制御する

もう１つのやり方が描画モードをDRAW_MESH_NOWからDRAW_MESHに変更する方法です。
　→　Live2D Manual - 描画モードの設定について

こちらはスクリプトを以下のように描画モードとOnRenderObjectをUpdateに変更するだけです。

2015/09/17追記
Live2D Unity SDK2.1からクリッピングマスク使用モデルの場合はlive2DModel.updateのタイミングが変更

SimpleModel.cs

using UnityEngine;
using System;
using System.IO;
using System.Collections;
using live2d;

[ExecuteInEditMode]
public class SimpleModel: MonoBehaviour 
{
    private Live2DModelUnity live2DModel;
    private Live2DMotion motion;
    private MotionQueueManager motionMgr;
    private Matrix4x4 live2DCanvasPos;
    public TextAsset mocFile ;
    public Texture2D[] textureFiles ;
    public TextAsset motionFile;

	void Start () 
	{
        Live2D.init();

        live2DModel = Live2DModelUnity.loadModel(mocFile.bytes);
		// Live2Dのレンダーモード変更
		live2DModel.setRenderMode(Live2D.L2D_RENDER_DRAW_MESH);

        for (int i = 0; i < textureFiles.Length; i++)
        {
            live2DModel.setTexture(i, textureFiles[i]);
        }

        float modelWidth = live2DModel.getCanvasWidth();
        live2DCanvasPos = Matrix4x4.Ortho(0, modelWidth, modelWidth, 0, -50.0f, 50.0f);

        motionMgr = new MotionQueueManager();
        motion = Live2DMotion.loadMotion(motionFile.bytes);
	}

	//void OnRenderObject()
	public void Update()
	{
        if (live2DModel == null) return;
        live2DModel.setMatrix(transform.localToWorldMatrix * live2DCanvasPos);

        if ( ! Application.isPlaying)
        {
            live2DModel.update();
            live2DModel.draw();
            return;
        }

        if (motionMgr.isFinished())
        {
            motionMgr.startMotion(motion);
        }

        motionMgr.updateParam(live2DModel);
		
		live2DModel.update();
		live2DModel.draw();
	}
}

こちらの方式ならZ値をいじるだけで描画順を制御できます

また、パーティクルなども描画順が制御できます。

ただ、Live2Dの描画の裏側の話のスライドにもあった通り、こちらは削除されるAPI方式です。
Unity5.0.1で確認しましたが、まだ使えるAPIっぽいのでやりやすい方で描画順を制御すればＯＫかと思います。

３．RenderTextureを使う

Live2D Unity SDKにはRenderTextureプロジェクトがあります。
こちらならRenderTextureを使ってPlaneにLive2Dモデルを表示するので、普通の3Dオブジェクトと同じように扱えます。
Unity5になってFree版でもRenderTextureが使えるようになったので、使うといいです。

ただし、通常よりもドローコール数が2倍になります。

参考　→　Q. 半透明のマテリアルを設定したゲームオブジェクトが、Live2Dのモデルの前に表示できません。