ncu (https://www.npmjs.com/package/npm-check-updates) を使う方法もありますが、
npm だけで依存関係をアップデートしたかったので、その作業メモを残しておきます。
新しいバージョンがあるか確認
$ npm outdated
Package Current Wanted Latest Location
@mapbox/spritezero MISSING 6.3.0 7.0.1 your-project
@mapbox/maki 4.0.0 4.0.0 7.0.0 your-project
アップデート
$ npm update @mapbox/spritezero @mapbox/maki