原点を 0 にする

0の下にも余白が現れないようにします。

> plot(data[[3]],data[[4]],xlab="Test",ylab="μSv/h",type="l",ylim=c(0,max(data[[4]])),yaxs="i")

グラフのサイズをピクセルサイズで調整する

plot コマンドの前に png コマンドでスクリーンを作ります。

> png("plot1.png", width = 400, height = 200)
> plot(data[[3]],data[[4]],xlab="Test",ylab="μSv/h",type="l",ylim=c(0,max(data[[4]])),yaxs="i")
> dev.off()

うーん? どうもサイズがスクリーンピクセル値になっていませんね。unit="px" としても変わりませんでした。
96dpi でなんだか計算しているみたいです。

> dev.new(width = 480/96, height = 320/96, unit = "px")
> plot(data[[3]],data[[4]],xlab="Test",ylab="μSv/h",type="l",ylim=c(0,max(data[[4]])),yaxs="i")

としたらうまくいきました。サイズ指定中に演算を含めても大丈夫ですね。

ggplot でグラフを作る

横軸ラベルをいい感じにするには、 ggplot を使うのが良さそうなので plot から変更してみました。

> library(ggplot2)
> dev.new(width = 480/96, height = 320/96, unit = "px")
> ggplot(aes(x = data[[3]], y = data[[4]]), data = data) + geom_line()

としたら

警告メッセージ: 
1: Use of `data[[3]]` is discouraged. Use `.data[[3]]` instead. 
2: Use of `data[[4]]` is discouraged. Use `.data[[4]]` instead.

が出たものの、以下のように表示されました。

ggplot で原点を調整

plot と同じように、原点を 0 に合わせてみました。軸ラベルをいい感じにし、グラフもスパイク形式にしてみました。

> ggplot(aes(x = data[[3]], y = data[[4]]), data = data) + geom_bar(stat="identity")  + scale_y_continuous(expand = c(0, 0), limits = c(0, max(data[[4]])*1.1)) + xlab("")+ylab("μSv/h")

とりあえずこの形式を使うことにします。

png ファイルとして保存する

> png("plot1.png", width = 480, height = 320)
> ggplot(aes(x = data[[3]], y = data[[4]]), data = data) + geom_bar(stat="identity")  + scale_y_continuous(expand = c(0, 0), limits = c(0, max(data[[4]])*1.1)) + xlab("")+ylab("μSv/h")
> dev.off()

とすると plot1.png が生成されました。この場合、実ピクセル数でサイズ指定ができるようです。

スクリプト化する

以下の内容で makegraph.R ファイルを作ります。

library(ggplot2)
data <- read.csv("test3-100.csv")
data <- dplyr::mutate(data, 測定日時 = as.POSIXct(測定日時,tz="Asia/Tokyo"))
png("plot1.png", width = 480, height = 320)
ggplot(aes(x = data[[3]], y = data[[4]]), data = data) + geom_bar(stat="identity")  + scale_y_continuous(expand = c(0, 0), limits = c(0, max(data[[4]])*1.1)) + xlab("")+ylab("μSv/h")
dev.off()

以下で実行すると、plot1.png が生成されます。

$ Rscript makegraph.R

入力・出力ファイルを変数化する

makegraph.R を

library(ggplot2)
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
input_file <- args[1]
output_file <- args[2]
data <- read.csv(input_file)
data <- dplyr::mutate(data, 測定日時 = as.POSIXct(測定日時,tz="Asia/Tokyo"))
png(output_file, width = 480, height = 320)
ggplot(aes(x = data[[3]], y = data[[4]]), data = data) + geom_bar(stat="identity")  + scale_y_continuous(expand = c(0, 0), limits = c(0, max(data[[4]])*1.1)) + xlab("")+ylab("μSv/h")
dev.off()

として、

$ Rscript makegraph.R test3-100.csv plot2.png

とすると plot2.png に出力されます。