まずAWSのドキュメント→開発者ガイド→DynamoDB での項目の操作を見てみましょう。
##PutItem
新しい項目を作成します。同じキーを持つ項目がテーブルにすでに存在する場合は、新しい項目に置き換えられます。テーブル名と書き込む項目を指定する必要があります。
##UpdateItem
項目が存在しない場合、このオペレーションは新しい項目を作成します。すでに存在する場合は、既存の項目の属性を変更します。テーブル名と変更する項目のキーを指定する必要があります。更新する属性ごとに、新しい値を指定する必要があります。
※UpdateItemの使い方はDynamoDBのupdateItemのValidationException解消方法に参照できます。

##AWSマネジメントコンソールでDynamoDBのテーブル作成

idはプライマリキーパーティションキーになっています。

下記のデータ(csv1)をputitemします。

id,name
10000,hello_one
10001,hello_two
10002,hello_three
10004,hello_four

DynamoDBの結果

id,name
10000,hello_one
10001,hello_two
10002,hello_three
10004,hello_four

下記のデータ(csv2)をputitemします。

id,name
10000,hello_one_two
10001,hello_two_three
10002,hello_three
10004,hello_four

DynamoDBの結果

id,name
10000,hello_one
10000,hello_one_two
10001,hello_two
10001,hello_two_three
10002,hello_three
10004,hello_four

##結果
id= 10000のものが新しい項目として作成されています。

##存在しているidの項目を更新する解決方法
###テーブル作成
AWSマネジメントコンソールからではなくて、AWS-CLIでコマンドで作成します。

aws dynamodb create-table --table-name test --attribute-definitions '[{"AttributeName": "id", "AttributeType": "S"}]' --key-schema '[{"AttributeName": "id", "KeyType": "HASH"}]' --provisioned-throughput '{"ReadCapacityUnits": 5, "WriteCapacityUnits": 5}'

idのプライマリキーのタイプはHASHを指定すればid存在したら更新します。

もう一回csv1、csv2をputItemでDynamoDBに書き込む場合
DynamoDBの結果

id,name
10000,hello_one_two
10001,hello_two_three
10002,hello_three
10004,hello_four

まとめ

テーブル作成する時、プライマリキーのタイプをHASHかHASH+RANGEにしてすれば、putItemでDynamoDBの項目を追加と更新(=updateItem)が両方実現できます。