ラズパイを触ったことがありませんが、プログラムの観点からの回答になりますが、
time_that = time.time.now()
def loop():
if time.time.now() < time_that + 2:
LED点灯
else:
LED消灯
これで動くと思います。time_that
に実行時の時刻を入れておき、loop()内を監視して2秒後になったときにif文がFalse
となり、else文が実行されると思います。
実行時の時刻をloop()関数の外で変数を定義しておくと良いと思います。