前提

babelを使って、以下のようなパッケージ構成でES2015でnpmモジュールを開発しているものとします。

.
├── dist # babelでコンパイルしたコードを配置
├── package.json
└── src # ES2015のコードを配置
    ├── main
    │   ├── lib
    │   ├── main.js
    │   └── middleware
    └── test
        ├── lib
        └── middleware

パッケージの設定

package.json

"scripts"に、babel-cliを使ってES2015のコードをコンパイルする処理を追加します。
また、"main"にはコンパイル後のコードを指定します。

// 省略
"main": "dist/main.js", # babelでコンパイルしたコード
"scripts": {
// 省略
    "build": "babel src/main -d dist" # dist以下に出力
},
"devDependencies": {
    "babel-cli": "^6.3.17",
	// 省略、テスト用パッケージ等
}

.gitignore

ES2015で開発しているモジュールなので、babelでコンパイルした後のコードはバージョン管理は不要だと思います。
.gitignoreにはbabelでコンパイルしたコードは含めないようにします。

// 省略
dist/

.npmignore

npm publishするとき、パッケージのルートディレクトリに

.npmignoreがない
.gitignoreがある

場合は、.gitignoreで無視されているファイルがnpm publish時にも無視されます。
（参考: developers | npm Documentation）

今回は

npmモジュールとしてはdist/以下にビルドしたES5のファイルを配布したい
逆にgitリポジトリに含めているES2015のソースコードは無視したい

ので、以下のような.npmignoreを書きます。

// 省略
# dist/
src/ # ES2015のソースコードが配置されているディレクトリ

TravisCIの設定

.travis.yml

deployフェーズの設定をします。
以下の例ではTravisCIが標準で用意している、npmパッケージをデプロイできるproviderをそのまま使っています。

language: node_js
node_js:
    - "4.1"
after_success:
  - npm run-script build
deploy:
  provider: npm
  email: "mookjpy@gmail.com"
  api_key: $NPM_API_KEY
  skip_cleanup: true # `run-script build`で生成したES5のコードを消さないようにする
  on:
    tags: true

TravisCIのプロジェクト設定

TravisCIのプロジェクトごとの環境変数設定項目に、$NPM_API_KEYをあらかじめ設定しておきます。
プロジェクトの設定は https://travis-ci.org/your-username/project/ の、右側にsettingsというリンクがあるのでそこから行うことができます。

$NPM_API_KEYは自分のマシンでnpm loginした後に以下のコマンドから確認することができます。

cat ~/.npmrc
//registry.npmjs.org/:_authToken=<Your key>

babel6からのdefault exportの扱いについて

babel6からはexport defaultでexportしたモジュールにrequireでアクセスする際の挙動が変わっています。
以下のようにES2015のexport defaultを使った時は

mybar.js

export default myVar;

以下のようにrequireで取得したオブジェクトのdefaultを参照する必要があります。

importing.js

// var myVar = require('myVar'); これはbabel6からは使えない

var myVar = require('myVar').default; // defaultオブジェクトを指定する

今回例にしているプロジェクトをbabel6を使ってコンパイルする際は、src/main/main.jsを以下のように書くことができます。
これはES5のコードなので、babelのコンパイラを通してもそのままdist/main.jsに書きだされます。

src/main/main.js

module.exports = require('./lib/my_util').default; // ユーザー側からrequireを使ってアクセスされるであろうモジュール

npmモジュールのユーザーは普段通りの感覚でrequireを使うことができます。

npm install great-package

main-by-user.js

var myUtil = require('great-package');