PHPとEJSについて

EJSは「html内にコードを書くことができること」を簡単にできるようにするためのテンプレートエンジンです。
Javascriptのライブラリのひとつなので、PHPという言語自体と比較するのは合っていないと思います。
PHPでEJSのようなテンプレートエンジンにあたるのはTwigやSmarty、Bladeなどです。

Javascriptはもともとクライアントサイド言語で、ブラウザ上で動作するのはPHPで出来ないことです。

上に書いた自分の理想のサイトを作るに最適な言語はどれなのか教えてもらいたいです。

「最適」という部分は難しいですが、
技術的に可能、という点ならPHPでもJavascript(Node.js）でもできると思います。

HTML内にコードを書いて、HTMLを生成する点は似ていると思いますが、PHPは動的なWebページを作るための言語であり、例えば、データベースにアクセスする機能があります。
一方、EJSはHTMLをJavaScriptで効率的に書くための言語であり、EJS自体にはデータベースにアクセスする機能はないと思います。（Express等を介してアクセスする必要があると思います。）
EJSはHTMLを生成するための言語ですが、PHPは（HTMLを生成するだけでなく）Webアプリを開発するための言語なので、比較対象が合っていないように感じます。比較するなら、PHPとNode.jsかなと思います。
そして、質問者さんはPHPよりJavaScriptをより多く勉強されているとのことですので、EJS（というかNode.js）の方が適しているのではないかと思います。