経緯

サクラエディタでGrep検索時、Git管理フォルダ(.git)を除外して検索したい
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フォルダを除外すればよいはず
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ググラビリティ不足なのか見つからない
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ヘルプ見てみたらちゃんと書いてあった！

ファイルパターンの先頭に#を付ける(例: #*.svn)と、そのパターンに当たるサブフォルダをGrep対象から外します。(sakura:2.1.0.0以降)

と、いうことで以下のようにファイルパターンを指定すればちゃんと除外できました。

# *.git *.*

他のバージョン管理フォルダ(.svn等)や、ログフォルダなどもこれでうまいこと除外できます。
ヘルプ記載の通り、バージョン2.1.0.0以降を使用する必要があります。