結論

Safariのバグらしい。
バグ報告レポートによると、2006年4月12日に報告されている模様。
https://bugs.webkit.org/show_bug.cgi?id=8351

動作確認

サンプルコード

hoge.html

<!DOCTYPE html>
<html lang="en">
    <head>
        <meta charset="UTF-8">
        <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
        <title>Document</title>
    </head>
    <body>
        <select name="example">
            <option value="サンプル1">サンプル1</option>
            <option value="サンプル2">サンプル2</option> ← ここにdisplay: none;を効かせたい
            <option value="サンプル3">サンプル3</option>
        </select>
    </body>
</html>

【Chrome】

【Safari】

Safariでは効かない、、だと、、？

対策案

disabled属性を付与させて、選択させないようにする
optionタグをspanタグで囲み、spanタグに対してdisplay: none;を適用させる
- JavaScriptからスタイルを付与しないと効かないらしい

終わりに

期待するスタイルがどうしても効かない時は、バグレポートをチェックしたほうが良さそうですね🤔

参考

Safariではoption要素をhiddenできない - Qiita
iPhoneでselect要素optionに「display:none;」が効かない罠 | グリニッジ株式会社