【20170705追記】
全ての停止中のコンテナ、ボリューム、ネットワーク、イメージを一括削除するコマンドは下記です。
docker system prune
環境
docker version 1.13.1
使っていないimageの一括削除
存在しているimageを確認する
docker images
使われていないimageを一括削除する
docker image prune
もう一度docker imagesで確認すると、不要なimageが削除されています。
使っていないcontainerの一括削除
起動しているcontainerを確認する
docker ps
起動していないものも含め全てのcontainerを確認する
docker ps -a
使われていないcontainerを一括削除する
docker container prune
もう一度docker ps -aで確認すると、不要なcontainerが削除されてdocker psした時と同じになっているはずです。
使っていないnetworkの一括削除
存在しているnetworkを確認する
docker network list
使われていないnetworkを一括削除する
docker network prune
もう一度docker network listで確認すると、不要なnetworkが削除されています。
【追記】
停止しているimage,container,networkを一括削除するため、以下のようなwarninagが出ます。
docker image prune
WARNING! This will remove all stopped images.
Are you sure you want to continue? [y/N]
訳：このコマンドは全ての停止しているimage(container,networkも同様)を削除します。
本当に続けますか？
yを選択すると、削除が実行されます。
意図的に停止していて残しておきたいimage,container,networkも一括削除されるため、起動はしていないが残しておきたいimage,container,networkがある場合は、pruneは使わずに個別に指定して削除するようにします。