random survival forest
解決したいこと
random survival forestを実装したい
発生している問題・エラー
ValueError Traceback (most recent call last)
in
4 n_jobs=-1,
5 random_state=random_state)
----> 6 rsf.fit(X_train, y_train)
2 frames
/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/sksurv/util.py in check_y_survival(y_or_event, allow_all_censored, *args)
130
131 if not isinstance(y, np.ndarray) or y.dtype.fields is None or len(y.dtype.fields) != 2:
--> 132 raise ValueError('y must be a structured array with the first field'
133 ' being a binary class event indicator and the second field'
134 ' the time of the event/censoring')
ValueError: y must be a structured array with the first field being a binary class event indicator and the second field the time of the event/censoring
該当するソースコード
python
y = df.loc[:, ["rec0", "DFS"]]
Xt = df.drop(["rec0", "DFS"], axis=1)
rec0が 0 1のbinary class event
DFSが 5.4 3.4 などの年を表す値をが入っています
これを
random_state = 20
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(
Xt, y, test_size=0.25, random_state=random_state)
にして
rsf = RandomSurvivalForest(n_estimators=1000,
min_samples_split=10,
min_samples_leaf=15,
n_jobs=-1,
random_state=random_state)
rsf.fit(X_train, y_train)
とするとfitのところでエラーが出ます
y.head()で見ると
rec0 DFS
0 1 6.376454
1 0 7.066393
2 0 6.475017
のようにbinary class event, the time of event or censoring
になっているのですが
どこが悪いかわかりません
自分で試したこと
順序の確認や欠損値の有無など
欠損値はありません
